A simple vista la pregunta eterna, y he aquí una respuesta fácil y rápida
No te compliques si no tienes una necesidad muy especial
Utiliza innodb cuando tengas mucha escritura o requieres que se elimine o actualice información en cascada automáticamente.
Utiliza myisam cuando exista poca escritura y se notará mucho más rápido
así de fácil.
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